如果B公司原先的控股股东在交易后仍然是控股股东，并未退出，A公司依据其所持有的20%股权可对B公司施加重大影响，则B公司如何处理？

从该交易的情况看，实际上是股权收购和商标使用许可两项交易的组合，相当于A公司在以1万元名义价格受让标的企业股权的同时，授予标的企业一项商标使用权（不另外收取对价，实质上是以商标使用权对标的企业作出资本性投入）。
如果B公司原先的控股股东在交易后仍然是控股股东，并未退出，A公司依据其所持有的20%股权可对B公司施加重大影响，故以权益法核算其对B公司的长期股权投资，则：
（1）标的企业（B公司）应按照该项商标使用权的公允价值确认一项无形资产，同时贷记资本公积。
（2）A公司在取得股权之日对其进行权益法核算时，应当同时确认一项授予商标使用许可的交易。收入确认原则按照A公司的准则适用情况：
A公司执行《企业会计准则第14号——收入》，账务处理为：
借：长期股权投资［＝（B公司2011年11月30日可辨认净资产公允价值＋商标使用权的公允价值）×20%］
贷：银行存款
其他业务收入/合同负债
应交税费——待转销项税额/应交税费——增值税（销项税额）
营业外收入（差额，即类似于负商誉性质的差额）
后续期间内，对于上述会计分录中确认为“合同负债”的款项，A公司应按照《企业会计准则第14号——收入》及其应用指南关于授予知识产权许可的相关规定，采用系统、合理的方式将其确认为收入。
（3）按照上述方法，应可充分体现交易的实质，同时减少不当确认的负商誉性质的营业外收入的金额。
在编制合并报表时，应按《企业会计准则第2号——长期股权投资》第十三条的规定，按照股权比例（20%）抵销所确认的尚未实现的商标使用权许可收入。