总公司在上海，分公司在重庆，分公司为非独立核算，重庆分公司的工作人员保险在当地缴纳，工资由总公司统一发放，这样分公司的个人所得税在上海缴纳还是在重庆缴纳？

1、根据《国家税务总局关于印发<个人所得税自行纳税申报办法（试行）>的通知》(国税发〔2006〕162号)第十条规定：“在中国境内有任职、受雇单位的，向任职、受雇单位所在地主管税务机关申报。”

2、根据《国家税务总局关于个人所得税偷税案件查处中有关问题的补充通知》(国税函〔1996〕602号)第三条：“扣缴义务人的认定，按照个人所得税法的规定，向个人支付所得的单位和个人为扣缴义务人。由于支付所得的单位和个人与取得所得的人之间有多重支付的现象，有时难以确定扣缴义务人。为保证全国执行的统一，现将认定标准规定为：凡税务机关认定对所得的支付对象和支付数额有决定权的单位和个人，即为扣缴义务人。”

基于上述两个文件，分析可知：

1、重庆分公司员工社保在分公司所在地购买，说明法律上任职受雇单位是重庆分公司 ;

2、分公司工作人员为分公司提供劳动，实质上员工受雇单位也是重庆分公司 ;

3、重庆与上海相隔两地，分公司员工的考勤、绩效也由分公司直接掌握，能决定工资的支付对象和支付数额。

所以，重庆分公司员工的工资由重庆分公司代扣代缴个人所得税。