分支机构选择“独立核算”或者“非独立核算”，在所得税纳税申报时有何区别？

没有实质区别，“独立核算”与“非独立核算”是会计核算要求，不是税法概念。

《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）第二条规定：居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业（以下简称汇总纳税企业），除另有规定外，其企业所得税征收管理适用本办法（统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库）。法条明确规定，除另有规定外，总分机构的所得税征收法定实行汇总纳税，不区分是否独立核算。

因此，日常工作中，“独立核算”与““非独立核算”的选择，只是会计核算方法不同，不是分支机构汇总纳税的限制因素。