根据《国家税务总局 铁道部关于铁路货运凭证印花税若干问题的通知》(国税发〔2006〕101号)的规定:
五、税务机关根据国家有关规定,按代征印花税税款金额的5%付给铁路部门代征手续费。手续费由税务机关按规定及时给付,铁路部门不得从代征税款中直接扣除。